9.10.1862 vyšehradská kapitula zřídila nový rybník u Průhonic a naopak zrušila Dobřejovický rybník. Proti tomu však 28.10.1862 protestovali pobřežní mlynáři na Botiči. "Mlynářská činnost jejich byla tímto nemilosrdným skutkem naprosto zmařena, neboť mlýny, které dříve majitelům dostatečnou výživu poskytovaly, ani při šetrnosti a pracovitosti ku skromné zámožnosti nepomáhaly, staly se pouhými baráky a utrpěly značnou ztrátu na ceně." Podpepsali mlynáři František Počta z Průhonic čp. 30, František Habětín z Průhonic čp. 34 a Josef Koníček z Újezda u Průhonic. 8.11.1862 kapitula žádost zamítla se zdůvodněním, že "kapitulní mlýn na Botiči napájí se téměř pouze blízkými dolejšími prameny a vodoteky a ze zamýšleného rybníka sotva nabude většího příttoku vody, vystavěním zmíněného rybníka získají jen hoření mlýny a držitelé pobřežních luk a zahrad zelinářských". 6.11.1863 se vyšehradská kapitula rozhodla vyřešit celý spor jednou provždy a vyplatit společenstvu mlynářů přísěvek 550 zlatých v souvislosti s vystavěním rybníka v Průhonicích (rozhodnutí bylo předáno mlynáři Františku Habětínovi z Průhonic čp. 34).
20.8.1865 nechala kapitula vystavět na Botiči nový jez v Nuslích pro mlýn na Vyšehradě za 181 zl. 94 kr. Z jezu byla voda sváděna do mlýnské strouhy. "An se na 18 palců pod řečiště hluboko zem vybrati musí a tudy se co nadíti jest..." Bourání starého jezu začalo 11.10.1865.
v únoru 1867 mlynář Antonín Růžička žádal kapitulu o zřízené nového vodního kola. Kapitula odpověděla, že "nechá udělat to kolo za 130 zl. pod dohledem mlynáře Růžičky, ale výlohy zapraví na odražku z činže".
V březnu 1867 došlo k poškození jezu na Botiči nad Folimankou. Protokol sepsaný 11.3.1867 kapitulou vyšehradskou: "Jarní voda rozebrala jez nad Folimankou od Josefa Tintěry z Modřan v zimě roku 1864-65 vystavěný. Podnikatel této stavby se závazal za jeho práci jeden rok státi, po kterém čase by se zhlédlo, jak ten samé povinnosti za dost učinil. Poněvadž loňského jara velká voda nebyla, tedy to vystavěné posouzení nemožné bylo, tedy jehož odpovídání o roku prodloužení co samo rozumné za pravé považováno býti musí, Josefovi Tintěrovi přednesené zdání zdejší nutí k ospravedlnění sloužící následující vyjádření." Tintěra se ospravedlňoval tím, že když předložil kapitule rozpočet, ten byl snížen, a tím mohlo dojít ke snížení materiálu. Kanovník V. Štulc 16.3.1867 Tintěru obhájil.
1870 zastaven provoz, mlýnská strouha zasypána.
5.11.1870 Vincenc Vávra, starosta obce Královských Vinohrad požádal vyšehradskou kapitulu v souvislosti s provedením stavby vodárny, která by zásobovala vodou z Vltavy Vyšehrad, část nuselského údolí a celé Vinohrady, aby mu odprodala své pozemky u Vltavy "blíž celního úřadu a podolského přístavu", aby mohly být kladeny roury vodovodu, k čemuž by se právě hodila mlýnská strouha mlýnu na Botiči. "Pročež by však z mlýnské strouhy musela být vypuštěna, pak by tento mlýn bylo třeba odkoupit a zkasírovat. Mlýniště, tj. dům mlýnský by se pak k jiným účelům upotřebil."
Dopisem z 3.11.1870 se Vávra dotázal na cenu mlýna s potokem a mlýnskou strouhou. Zároveň sdělil, že "mlýn tento, co takový, resp. jeho síla, sotva 100 - 150 zlatých ročně ceny má". A dále, že "v pádu, kdyby tento mlýn, který veledůstojné kapitule málo vynáší, vypustiti by chtěla, sotva na mlýnskou strouhu kupce by našla, an taková k žádné jiné potřebě není".
4.11.1874 požádala kapitula mlynáře Jelínka ze Šítkových mýnů, měšťana pražského, aby prohlédl a ocenil nářadí ve vyšehradském kapitulním mlýně. Jelínek se dpstavil 4.1.1875, prohlédl mlýnské nářadí, zvláště pak vak vantroky, vodní kola, paleční kolo, hřídele a podstavce ze silných dubových trámů, na nichž mlýnské ústrojí stálo. Uvedl, že se nemůže dopodrobna vyjádřit, "poněvadž veliké zásoby mouky ve mlýně uložené podrobné prohlédnutí ani nepřipustily", ale "vcelku má za to, že mezi 4-5 sty může se ztotožnit".
Likvidační operát cení mlýnské nářadí na 463 zl. 60 kr., uvádí však k tomu opravy v ceně 69 zl.
Předtím však kapitula zveřejnila v novinách inzerát: "Bývalý mlýn na Vyšehradě, jímž nabízí se též bednárna se dvorem 98 sáhů čtver." Na něj přihlásil se ke koupi bednárny Josef Lehký, bednář z Vyšehradu čp. 35 a nabízel 600 zl.
Od roku 1865 měli o mlýn zájem na veřejnou nabídku kapituly ještě mlynáři Růžička, Bělský, Goldšmíd a Pack. Tehdy mlýnská usdlost celkově zaujímala: mlýn a dům 85 sáhů, pastviště pod bednárnou 34,6 sáhu, zahradu 196,3 sáhu, dvůr 4,2 sáhu, mlýnskou strouhu 65,4 sáhu a místo pod mlýnem 84,5 sáhu, celekm tedy 508,1 sáhu, z čehož však již bylo odprodáno na jatky 124 sáhy.
4.6.1874 likvidační komise ohodnotila celý majetek:
čp. 53 - bednárnu na 900 zl., kolnu 90 zl., tj, celkem 990 zl.
čp. 54 - mlýn na 6230 zl., dům 2800 zl., chlévy 400 zl. + 20 zl., ohražení 330 zl., tj. celkem 9780 zl.
Kapitula rovněž uvedla, že mlýnská usedlost je prosta veškerých dluhů a závad.
1.6.1875 odpověděl starosta města Král. Vinohrad na nabídku odprodeje mlýna vyšehradské kapitule, která požadovala za mlýn 14.000 zl. rak měny, že nabízí ještě jeden tisíc zl. a mlýn koupí i se stroji.
1875 prodán a přestavěn na nájemní dům
