Mlýn stával na samotě u Otavy, mlynář bydlel ve stavení mimo mlýn. Neví se, kdy přesně mlýn vznikl, ale podle dochovaného zpovědního seznamu hoštické fary tu roku 1676 ještě mlýn nestál. Díky zápisu o křtu mlynářské dcery Roziny je s určitostí možno říci, že roku 1700 tu už mlýn byl.
Neví se, kdo jej postavil, ale možná prvním mlynářem se stal Tomáš Šebesta, jehož matkou byla Anýžka z Krt. Podle něj se mlýnu dlouhá léta říkalo Šebestovský. Tehdy měl mlýn tři mlýnská kola na spodní vodu - z toho dvě pro mlýnská složení, třetí pro stoupy. Z mlýna se platila špitálu sv. Markéty v Hošticích roční činže 4 kopy grošů míšeňských stříbrných.
Od roku 1726 tu působil mlynář Vavřinec Vošmik, který se předtím oženil s Rozinkou - dcerou mlynáře Šebesty. Roku 1731 prodal mlýn bez chalupy Matěji Pilkovi, synu kozlovského mlynáře Františka Pilky. Nový majitel koupil navíc od obce pozemek a zároveň přebral povinnost postavit do dvou let tj. do roku 1733 nový mlýn. Nový mlýn stál na jiném místě než ten původní a měl mlýnici a obytnou část. Matěj Pilka zůstal na mlýně do roku 1735, kdy jej bez polí a luk prodal Václavu Vrhelovi. V té době měl mlýn 3 kola - z nichž jedno bylo určeno pro stoupy. Roku 1745 jej prodal vodňanskému mlynáři na Kašparovském mlyně Josefu Žahourovi. Po jeho smrti roku 1762 učinila vdova Alžběta Žahourová se šesti dětmi vyrovnání tak, že kašparovský mlýn dostal syn Jiřík a mlýn Šebestovský syn Josef, který zemřel kolem roku 1775. Zůstala po něm vdova Anna se šesti malými dětmi. Protože nebyla schopna vést mlýn sama, provdala se roku 1776 za Josefa Pacourka, s nímž vedli mlýn společně.
Roku 1792 převzal mlýn Jan Žahour. Po jeho smrti roku 1829 přišel na mlýn zahorčický mlynář Jakub Kubeš, který se oženil s Žahourovou dcerou Rozalií. Tak se na Šebestovský mlýn dostali Kubešové.
