Vodní knihy jsou systematicky vedeny v jednotlivých okresech od roku 1872 na základě zemského zákona pro Čechy č. 64 ze dne 28. srpna 1870. Ke knize, kde jsou uvedeny základní údaje k vodnímu dílu, existují tzv. vložky vodních knih a rejstříky, které nemusí být vždy dochované. To platí i pro vlastní knihy. Knihy jsou členěny podle vodních toků a uvádí: polohu vodního díla a pozemku, popis hnacího zařízení, rozměry vodních kol, výrobní zařízení, popis vodních cest, majitele k datu zápisu. Vložky obsahují listiny, mezi nimi například zápisy komisí provádějících šetření ve mlýně ohledně osazení vodního znamení, obsahující podrobný popis vodních cest a alespoň stručný popis mlýna, výměry, kolaudační protokoly aj. Dále zde najdeme mapy a plány, jak stavební, tak hydrotechnické. Tedy velice často i plány nové turbíny, což je velice důležitá informace pro majitele mlýnů, kteří chtějí obnovit vodní motor.
Informační hodnota zápisu ve vodních knihách je nejednotná. V některých je kupříkladu uvedeno pouze „mlýn na vrchní vodu o dvou složeních“, ale chybí podrobné parametry vodních motorů, v jiných je zase obojí přesně popsáno včetně řady technologických podrobností.
Vodní knihy jsou uloženy ve státních okresních archivech.
Ukázka z vodní knihy bývalého Blatenského okresu. Uloženo v SOkA Strakonice.