Nejstarší zmínky o mlýně jsou už z 15.století. První mlynář jménem Ondřej jej 24.4.1484 emfyteuticky koupil za 18 pražských kop od Jindřicha z Hradce, ale 3.7.1489 Jindřich z Hradce opět prodal mlýn nejprve mlynáři Vaňkovi a poté mlynáři Ambrožovi za 36 kop míšeňských. V listině je však zmíněno, že již Jindřichův strýc Menhart z Hradce prodal mlýn Jindřichovu otci Janovi, jenž jej prodal mlynáři Martinovi, tudíž mlýn musel existovat již v 30. nebo 40. ltech 15. stol.
Honosný nápis na průčelí mlýna hlásá, že ho nechal postavit Jáchym z Hradce, ale ten mlýn pouze zvětšil a přestavěl roku 1551. Do kamene tesaný reliéf nám tuto událost připomíná spolu s erbem Jáchymovým a erbem jeho manželky Anny z Rožmberka. V rámci přetavby dostal dnešní průčelí, ale ještě i ne 15 kol.
Za velkého požáru jezuitského semináře (dnešní Muzeum Jindřichohradecka) 21.5.1615 mlýn vyhořel, taktéž byl poškozen, když se císařský generál Dampierre dvakrát pokoušel Hradec dobýt. Obnoven byl až v roce 1673 a 1689 dovybaven na 14 vodních kol ke složením a 1 kolo ke stoupě. Od té doby se mu také říkalo „U čtrnácti“. Při dalším požáru 13.6.1773, kterým utrpěl zámek, mlýn opět vyhořel. Tentokrát se jej podařilo opravit už za čtyři roky. Měl znovu 14 vodních kol, jednu stoupu a velké čerpací kolo pro vodovod (tzv. fendrich), kterým zásoboval sousední zámecký pivovar.
Nesmíme zapomenout na informaci, odkud pocházela voda, zásobující mlýnský náhon. Voda byla přiváděna z proslulého jindřichohradeckého rybníka Vajgar.
19.5.1801 velký požár města mýn nezasáhl.
V červenci 1852 mělo dojít k rekonstrukci mlýna na výkonnější tzv. americký mlýn. Vodní kola měla být nahrazena jednou Jonvalovou turbínou a budova zvýšena o 2 sáhy pro nástavbu 2. patra. Proti tomu však vystoupili techničtí zaměstnanci panství s vážnými pochybnostmi o únosnosti starých substrukcí. Nakonec koncem roku vše vyústilo v nezbytnost demolice staré budovy a provedení novostavby ze základů, jež však byla posléze shledána nehospodárnou.
V roce 1853 byl mlýn rekonstruován podle plánu ing. Gustava Hannaka na systém o pěti složeních úspornější americké konstrukce. Sloužil pak ještě plných 30 let. České mlynářství však od osmdesátých let 19. století postupně upadalo pod masivním nástupem konkurence z Uher.
Ředitel černínských statků Karel Jičínský začal proto hledat pro objekt náhradní efektivní využití. Navrhl, že by zde bylo možné zřídit elektrárnu, která by vyráběla proud nejen pro zámek, ale i pro celé město. Proměna mlýna v elektrárnu nevyžadovala naštěstí žádné zásadní stavební úpravy. Přirozenou hnací sílu zajišťoval poměrně pravidelný přítok vody z rybníka Vajgar. Tato síla se odhadovala na 55 až 60 HP. Počítalo se s tím, že zpočátku by pohon elektrodynamických strojů nepřetržitě obstarával parní stroj o výkonnosti 19 HP, kdežto tři vodní kola by pracovala pouze v noci.
V lednu roku 1887 byly dva elektrodynamické stroje Křižíkova systému nainstalovány a o týden později se již v pivovaře zkušebně svítilo. V únoru bylo instalováno elektrické vedení na náměstí a v přilehlé Panské ulici. Na náměstí bylo upevněno 11 žárovek a dvě obloukové lampy, v Panské ulici 5 žárovek. A v polovině března již zvědaví občané přišli obdivovat první osvětlení. Nebylo moc intenzivní, protože jedna žárovka měla svítivost 16 svíček.
Ovšem úspěch se dostavil. Již v květnu se městská rada usnesla o uzavření dlouhodobé smlouvy na odběr elektrického proudu. U firmy Brieghlieb, Hnusen a spol. z Rothy byla za 6308,- marek objednána vodní turbina o výkonnosti 50 HP, která umožnila dodávat proud až pro 600 žárovek. Licence na provoz elektrárny byla udělena od dubna roku 1888. O pět měsíců později se rozzářila elektrická světla po příkladu Jindřichova Hradce také v jihočeském Písku.
Se zvýšenou spotřebou elektrického proudu bylo nutné v roce 1902 provést rozšíření elektrárny. V roce 1921 byla dodána druhá Francoisova turbina a dynamo bylo vyměněno za generátor o výkonu 50 HP. Elektrárna pracovala až do roku 1995. V roce 1998 převzal správu nad objektem Národní památkový ústav a v létech do roku 2001 byla provedena celková rekonstrukce. Vzhledem k tomu, že je mlýn s elektrárnou národní kulturní památkou, byly zde zachovány všechny důležité části původní technologie.
Mlýn nebo chcete-li elektrárna je od roku 2001 veřejně přístupnou památkou. Elektrárna je funkční a zásobuje rozvodnou síť EON.
Horní patra budovy bývalého mlýna však elektrárna ke svému provozu nepotřebuje. Díky nápaditosti a úsilí členů Jindřichohradecké kulturní společnosti se zrodila myšlenka, jak rozlehlé sály využívat. Město Jindřichův Hradec je více než jedno století proslulé tradicí jednoho z nejkrásnějších a nejvznešenějších
řemesel. Roku 1910 zde Marie Hope Teinitzerová založila dílnu na tkaní tapiserií, která se brzy stala světově proslulou. Obratné ruce místních tkadlen vytváří dodnes nádherné obrovské tkané obrazy podle návrhů významných výtvarníků z celého světa.
