Po roce 1989 začala zdejší výroba krup klesat. Vznikla konkurence a mnohé mlýny začaly vyrábět kroupy jako doplňkovou výrobu. Krupárna postupně snížila výrobu ze 3 směn na 2, a později dokonce jen na jednu směnu. V roce 1993 koupil krupárnu mladoboleslavský podnik ZENA, která hledala úspory a nové oblasti činnosti. Kromě výroby krup a půlení hrachu se zde mlela rýže pro Plzeňský pivovar na výrobu speciálního piva, dále meruňkové pecky pro Karborundum Benátky n. J. sloužící jako přídavek do brusiva. Obchodní činnost byla rozšířena o doplňkové balení zboží z dovozu – rýže, pistácie, mandle, rozinky, kokos a mák. Výroba se však nezvedla na původní úroveň a když se nástupce ZZN Mladá Boleslav, nástupce ZENY, stal součástí skupiny Agrofert, byla krupárna prodána krnecké stavební firmě LUKA, která využívala budovu mlýna jako své zázemí. Mlýnské stroje byly demontovány, prodány nebo sešrotovány. Noví majitelé se rozhodli využít odstavenou turbínu pro výrobu elektrické energie. Nechali rozbít beton, pod kterým byla turbína zabetonována od roku 1963, a nahradili starou turbínu novou Kaplanovou o výkonu 75 kW. Kolaudace proběhla za nového provozovatele ENER J2 v roce 2013, který obhospodařuje elektrárny na obou stranách Jizery, tj. v Krnsku a Zámostí. (MH)
20. 12. 2015 mlýn vyhořel.
Po požáru 20. 12. 2015 mlýn téměř kompletně vyhořel. Budova mlýna, skladiště i silo ohrožovaly provoz na přilehlé silnici a musely být zbourány. Přízemí, kde se nachází turbína, však zůstalo nepoškozeno a funguje dál jako malá vodní elektrárna. (MH)