1860 do mlýna se přiženil Antonín Jene ze sousedního Beranova Mlýna
V 19. století si holubovští mlynáři opatřili i pilu.
21. 12. 1886 konána třetí exekuční dražba mlýna v odhadní ceně 55.385 zl. 59 kr. Mlýn bude prodán i pod odhadní cenu. (RR)
Na počátku 20. století měl mlýn dvě kola, to na svrchní vodu pohánělo samotný mlýn a kolo na spodní vodu jednorámovou pilu.
1903 mlýn zdědila dcera Josefina, provdaná za Josefa Valíka z Červeného mlýna u hlumečka (údajně podivínské povahy)
Mlýn modernizoval a zcela přestavěl, zrušil původní cestu severním svahem ku Křemži a postavil novou cestu brodem k Holubovu, Krasetínu a Třísovu. Značně se však zadlužil a nakonec pomátl, 1908 zemřel. Vdova vedla nadále mlýn s pomocí švagra, dluhy však narůstaly a hrozila však exekuční dražba.
V roce 1913 založila trojice největších sedláků (Jan Valenta zv. Kuchař, Václav Dítko zv. Klíma a Tomáš Frojda zv. Hanuš) v okolí mlýnské družstvo a koupili od vdovy Valíkové i objekt u Křemže. Na řadu pak musela přijít modernizace. Při ní mlýn zvětšili o jedno patro a celý vylepšili. Družstvo za všechno zaplatilo 415 220 tehdejších korun.
Zdroj: https://www.idnes.cz/ceske-budejovice/zpravy/holubovsky-mlyn-rekonstrukce-historie-potok-oprava-pavel-sima-kremezsky-potok.A200704_557567_budejovice-zpravy_jbr?