Nynější vesnice vznikla nejpozději počátkem 13. století a s jejím jménem se v písemných pramenech setkáváme již kolem roku 1227; tehdy Bavorovice patřily ke klášteru svatého Jiří v Praze. Znovu se připomínají v roce 1262, kdy je král Přemysl Otakar II. klášteru odňal, aby mohl vesnici připojit k panství nově zakládaného hradu Hluboké. Podle urbáře z roku 1490 se zde nacházelo 25 poddanských usedlostí, krčma a u řeky pustý mlýn. Na vlastních gruntech hospodařili Lorenc Matěj, Hůrar, vdova Rychtářka se sirotky, Prokeš, Matuš, Mikuláš, Zigl, Voldnar, Martin Lekšův, Jakub, Janek Machův, Bicek, Mikeš, Petr, Zikl, Martin, Ondráček, Hazl, Borovec, Kubík, Janek Šart a Jíra Šálek. Další tři usedlosti zničila povodeň a příslušné pozemky byly potom svěřeny hospodářům ze sousedství, totiž Mikuláši, Voldnarovi a Petrovi. Bavorovičtí poddaní měli povinnost robotovat při žních a orbě na panském, ale k jejich úkolům také patřilo dovézt na hlubocký zámek vše, co vrchnost koupí ke své potřebě v Budějovicích. Roku 1452 v okolí Bavorovic tábořilo vojsko Jiřího z Poděbrad,