V údolí pod Větrným Jeníkovem na rozhraní tří katastrů (šimanovského, hlávkovského a jeníkovského) se již od středověku nacházel mlýn. Jméno snad získal od tří hranice, jež činí trojhran nedaleko mlýna. Podle jiné pověsti, byli při stavění rybníků kolem Větrného Jeníkova mezi surovými rybníkáři i tři mladí a hezcí muži. Byli si podobní nejen vzhledem, ale i chováním. Za to si vysloužili posměšnou přezdívku tři Jankové. Jeníkovskému pánovi se zalíbila jejich poctivost a pracovitost. Když byl rybník dostavěn, učinil jednoho svým rybářem druhého uhlířem a třetímu dovolil postavit pod hrází rybníka dřevěný mlýn. Od té doby se tam říkalo „u tří Janů“ a tomu místu Trojan.
První písemná zmínka o Trojanském mlýně je z roku 1635 ve spisu Šímy Trojanského, kdy údajně po nástupu nového katolického panstva na Jeníkov z mlýna uprchl trojanský mlynář z celou rodinou. Opuštěný mlýn zpustl, rybník byl vypuštěn a zarostl travou a rákosím.
Mlýn patřící panství jeníkovskému koupil od vrchnosti v roce 1744 mlynář Josef Vašíček za 150 zlatých (zatím bez pily a olejny). Když roku 1764 umírá, přebírá mlýn jeho nejstarší syn Jan. Roku 1783 Jan Vašíček dokupuje od majitelů panství, Vlašského špitálu v Praze, pilu při mlýně. Jan byl zachycen na mlýně i v letech 1785-88 v gruntovním měření městysu Jeníkova.
Roku 1800 mlýn koupil Václav Vašíček za 100 zl
Nad mlýnem byl rybník o rozloze asi 90 měr. 8. září 1816 se strhla bouře s průtrží mračen, voda ze dvou výše položených protržených rybníků Rýbrcoun a Struhovec se přivalila do Trojanského rybníka, protrhla hráz, vzala pilu s olejnou, ale poškozený mlýn vydržel. Velká voda dál pustošila rybníky nad Jiřínem. Trojanský rybník zůstal již protržený, pouze na okraji bývalého rybníka mlynář vykopal strouhu. Mletí se tak stalo obtížným, neboť se mlýn stal závislým na vodě z výše položeného Dolního mlýna, který když nemlel, stačila voda ve strouze pouze na krátké mletí. Z plochy rybníka se stala louka a asi třetinu pokryl les, což ostatně vidíme na mapě stabilního katastru z roku 1838. Ke mlýnu patřilo 40 měr pozemků a velký palouk v panském lese, který údajně mlynář zakoupil v době hladu za napoleonských válek za mísu mouky.
V roce 1838 mlýn vlastní Václav Vašíček
