Mlýn stával na samotě u Otavy, mlynář bydlel ve stavení mimo mlýn. Neví se, kdy přesně mlýn vznikl, ale podle dochovaného zpovědního seznamu hoštické fary tu roku 1676 ještě mlýn nestál. Díky zápisu o křtu mlynářské dcery Roziny je s určitostí možno říci, že roku 1700 tu už mlýn byl.
Neví se, kdo jej postavil, ale možná prvním mlynářem se stal Tomáš Šebesta, jehož matkou byla Anýžka z Krt. Podle něj se mlýnu dlouhá léta říkalo Šebestovský. Tehdy měl mlýn tři mlýnská kola na spodní vodu - z toho dvě pro mlýnská složení, třetí pro stoupy. Z mlýna se platila špitálu sv. Markéty v Hošticích roční činže 4 kopy grošů míšeňských stříbrných ve dvou splátkách po 2 kopách na sv. Jiří a sv. Havla.
Od roku 1726 tu působil mlynář Vavřinec Vošmik, který se předtím oženil s Rozinou - dcerou mlynáře Šebesty. Za mlýn zaplatil 30 kop míš., a to 2 kopy jako závdavek a zbytek v ročních splátkách po 1 kopě vdově po Tomáši Šebestovi Lidmile a její dceři Mařeně.
Roku 1731 prodal mlýn bez chalupy za 75 zl. Matěji Pilkovi, synu kozlovského mlynáře Františka Pilky. Nový majitel koupil navíc od obce pozemek 12 sáhů délky a 8 sáhů šířky a zároveň přebral povinnost postavit do dvou let tj. do roku 1733 nový mlýn. Mlynář Pilka převzal od roku 1733 gtaké povinnost odvádět 2 strychy žita Vavřinci Vošmikovi a jeho manželce Rozině a zadarmo jim semlít obilí pro jejich potřebu. Navíc přibyla platba činže 12 zl. obci, protože mlýn zčásti stál na obecní půdě. Na druhou stranu byl osvobozen od všech jinších povinností jako císařských poplatků, maršovních outrat a kvartýrův. Nový mlýn stál na jiném místě než ten původní a měl mlýnici a obytnou část.
Matěj Pilka zůstal na mlýně do roku 1735, kdy jej bez polí a luk prodal za 695 zl. Václavu Vrhelovi. V té době měl mlýn 3 kola - z nichž jedno bylo určeno pro stoupy. Vrchnost uložila kupujícímu "pokojně se chovati, žádného puntování, které by proti milostivé vrchnosti býti mělo, spolu s obyvateli poříčanskými míti nemá, a to pod pkutou vyměřenou."
Roku 1745 jej prodal vodňanskému mlynáři na Kašparovském mlyně Josefu Žahourovi za 1.800 zl. (Josef Žahour, svobodný měšťan král. města Vodňan, tak hospodařil na 2 mlýnech). Po jeho smrti roku 1762 učinila vdova Alžběta Žahourová se šesti dětmi vyrovnání tak, že kašparovský mlýn dostal syn Jiřík a mlýn Šebestovský syn Josef, který zemřel kolem roku 1775. Zůstala po něm vdova Anna se šesti malými dětmi. Protože nebyla schopna vést mlýn sama, provdala se roku 1776 za Josefa Pacourka, s nímž vedli mlýn společně.
Roku 1792 převzal mlýn Jan Žahour za 3.000 zl., z čehož musel sourozencům vyplatit podíly po 428 zl. 30 kr. Po jeho smrti roku 1829 přišel na mlýn zahorčický mlynář Jakub Kubeš, který se oženil s Žahourovou dcerou Rozalií. Tak se na Šebestovský mlýn dostali Kubešové.
