V roce 1638 byl mlýn opraven, uváděn jako "zánovní". Pro nedostatek vody stál několik let na sucho. V místě, kde říkalo "na mlýništi" (u železničního mostu) bylo mělko.
1638 je potvrzena existence mlýna „v občinách křineckých“, což je rozhodně přesnější označení než v předchozí kupní smlouvě.
Po skončení třicetileté války začíná nová doba. Když dával v roce 1650 Pavel hrabě z Morzina zaznamenat do desek zemských kupní smlouvu na křinecký statek - vlastně přesněji panství Nový Kunstberk - nechal napsat o mlýnech toto: … Mahlműhlen und Öhlműhlen sambt Brenhaus bei dem Schloss Křinecz… V regionu tedy bylo zařízení umožňující mletí obilí, lisování oleje a pálení kořalky. O rok později ve výkazu přiznání poddaných podle víry uvádí též mlynáře Pavla Růžičku a jeho manželku Dorotu. Z těchto dvou zpráv by bylo možno usoudit, že původní mlýn v občinách byl modernizován a patřil vrchnosti.
Ve druhé polovině 17. století bylo panství kolonizováno a zároveň se i pro vrchnost stává jakousi zásobárnou, neboť zbývající statky Morzinů neleží již v tak úrodných končinách. To vše vedlo k zvýšení produkce obilí a vyšší potřebě jeho zpracování na mouku. Tato okolnost mění také situaci - jeden mlýn nestačí a zvýšenou potřebu mletí pokrývá vrchnost stavbou dalších dvou mlýnů.
Z počátku asi provozuje mlýny i ve vlastní režii. V roce 1689 se souhlasem Jana Rudolfa hraběte z Morzina zakoupil se mlynář Václav Síla na všechny tři mlýny: prvý pod rybníkem Podchotučním, druhý starý mlýn u Sádek a třetí ležící nad městečkem Křincem v ceně 300 říš. rýnských zlatých. Zaplatil 30 zl. a zbytek splácel po 6 zl. ročně. Mimo to platil 10 zl. ročního nájmu, dával 2 korce pšenice, 90 korců žita. Podle starodávného obyčeje byl zároveň každoročně povinný odvést vrchnosti 4 vepře vykrmené na špek a za to se mu sráželo z nájmu 12 zl.
1718 Křinecký mlýn v občině už chátral. Obnoven nebyl, neboť musel spolu s částí rybníka Jordánu ustoupit nové výstavbě v obci. Rozšiřovala se nejen ulice vedoucí k Chotuci až po mlýnský náhon, ale byla postavena také nová „Zelená obec“, nebo jinak „Morzinský rynek“ -dnešní Zelené náměstí.
