V letech 1630-1633 činil nájem 120 zl. a poté až do švédských válek 110 zl. Za švédské okupace byl mlýn značně poškozen, ale už v r. 1653 byl opět v provozu a platilo se z něj ročně 25 zl. Po uvedení do původního stavu v r. 1655 byl opět stejné velikosti jako na počátku 17. století a výše nájmu se v letech 1657-1683 ustálila na 100 zl.
V r. 1660 zde byl mlynářem Matěj Frank a v r. 1672 jistý Šafrán. V r. 1684 mlýn buď vyhořel nebo došlo k jeho zásadní opravě, což vyplývá ze žádostí několika mlynářů, žádajících magistrát o obsazení prázdného místa. V r. 1686 však již byl opět v provozu a platil se z něj nájem 120 zl., v letech 1690-1696 130 zl., v letech 1701-1703 188 zl. Na začátku 18. století máme doloženého mlynáře Jiřího Schwartze a v letech 1708-1728 Martina Bönischa. Za jeho působení byl mlýn dobudován a zvětšen a od r. 1717 se také značně zvýšil roční nájem – v r. 1717 činil 237 zl. a v r. 1727 již dosáhl výše 285 zl. Po Bönischově smrti mlýn převzala jeho žena Apolónie a držela ho do r. 1733. To měl mlýn stále tři složení a jeden kašník. V r. 1733, kdy mlýn dostal nového nájemce – Antonína Wagnera z Milovan – byl znovu opraven stejně jako v r. 1746 a činže se zvýšila až na 375 zl. ročně. Hned následujícího roku, 21.1.1747 však obnovený mlýn vyhořel i s obilím mlečů, byl však ještě téhož roku obnoven v původním rozsahu jako zděná budova, na což se spotřebovalo 80.000 cihel. Antonín Wagner, který nesl na požáru jistou vinu, však byl vzat na milost a opravený mlýn opět obdržel do nájmu za činži 375 zl. V r. 1753 měl upravený mlýn již čtyři mlýnská složení a jeden kašník, přičemž víme, že zde mleli sedláci z nejbližšího okolí, tj. z Holice, Grygova, Nemilan, Blatce a Kyselova.
Antonín Wagner zde působil téměř celou druhou polovinu 18. století a po jeho smrti v r. 1790 mlýn s příslušenstvím v hodnotě 2200 zl. převzal jeho syn Antonín za nájem 325 zl. Smlouvou z 30.6.1797 přenechal Antonín Wagner holický mlýn č. 1 v ceně 11.000 zl. Za stejných podmínek Josefu Veikovi, který ho smlouvou z 19.12.1818 předal svému synovi Bernardovi. I nyní zůstala velikost mlýna nezměněna a jeho cena po finančním krachu činila 26.000 zl. konvenční měny a nájem 375 zl. Stejně jako u ostatních mlýnů se na udržování mlýna i mlýnského náhonu podílelo město i mlynář. Vrchnost měla vlastním nákladem nechat opravovat jez, čistit mlýnskou strouhu, opravovat poškozené hráze a po dobu oprav měl mlynář platit nižší nájemné. Mlynář měl na druhé straně ve spolupráci s mlynářem z Hamerského mlýna, ležícím na stejném náhonu, udržovat horní a spodní strouhu u jezu směrem na Bystrovany.