V době okupace, v roce 1940, převzalo mlýn německé vedení. Vedoucím mlýna (Betriebsleitrem) byl jmenován, do té doby strojník v údržbářských dílnách mlýna, Franz Larisch, zarytý nacista. Tento kariérista byl rovněž členem městské rady a zastával funkci prvního náměstka starosty města. Technickým vedoucím mlýna stal se do té doby laborant Johann Nowak, rovněž bezohledný zarytý nacista. Zaujímal též křeslo v městské radě. O působení těchto funkcionářů je řada údajů v kapitole “Z činnosti městské rady”.
Krátce po převzetí správy mlýna do německých rukou v roce 1940 byl v následujícím roce 1941 zachvácen požárem. Zcela zničen byl pšeničný a žitný mlýn, zachráněna byla jen výroba krup, jáhel a hrachu. Německými orgány bylo neprodleně zahájeno rozsáhlé pátrání po příčinách požáru. Usuzovalo se, že požár byl založen. Usuzovalo se, na sabotážní akci avšak přes veškeré úsilí pátracích orgánů pachatel zjištěn nebyl.
Kyjovský mlýn byl zařazen do skupiny podniků válečně důležitých – mouka v kyjovském mlýně vyráběná sloužila ponejvíce pro zásobování německé armády. Proto hned po požáru byla zahájena akce pro stavbu objektu pšeničného a žitného mlýna. Urychleně byly prováděny odklizovací práce požárem zničených objektů a v zápětí na to s výkopem základů pro stavbu. Do těchto prací byli nuceně nasazeni zaměstnanci mlýna. Výstavba mlýna rychle pokračovala, takže již na počátku roku 1943 byl dán mlýn do provozu a výroba pšeničné a žitné mouky byla obnovena.
Provoz mlýna řídili naši lidé za velmi přísného dozoru ředitele mlýna Larische a technického vedoucího Nowaka. Přesto však sabotáže ve mlýně byly na denním pořádku. Tak například v srpnu 1944 bylo velké množství mouky a krupice zatopeno vodou. Tehdy bylo otevřeno potrubí, následkem toho voda vnikla do zásobníků mouky a krupice.
Následovalo přísné šetření orgánů gestapa. Nic se však nezjistilo. Gestapáci nařídili shromáždění všech zaměstnanců, kteří museli přivést i své manželky. Účast zaměstnanců i jejich manželek byla kontrolována. Na tomto shromáždění bylo zaměstnancům dáno najevo, že v případě, že se vyskytne ještě další případ sabotáže nebo i pokus o sabotáž, budou všichni zaměstnanci závodu na místě postříleni.
V závodě pak byly zesíleny hlídky oddílu SS a gestapa, pod jejichž stálým dozorem museli naši lidé pracovat. Přesto, že gestapo získalo na pomoc zrádcovské živly a udavače z našich lidí, nepodařilo se všechno uhlídat. Tak kupříkladu v období ku konci války, kdy německý režim se otřásal v samých základech a perspektiva našeho osvobození byla již jasná, podařilo se našim lidem uschovat a zazdít ve sklepích důležité součástky technického zařízení a materiálu.
V období, kdy vojska maršála Malinovského dobyla Bratislavu a nezadržitelně se blížila k našemu městu, Němci evakuovali také kyjovské mlýny a nejdůležitější součástky technického zařízení odvlekla. Tak také odvlekli skládací zařízení pro mlecí stolice. Za pomoci sovětských jednotek bylo toto důležité technické zařízení nalezeno na nádraží v Přerově a neprodleně vráceno zpět do kyjovského mlýna, takže provoz mlýna mohl být již v krátké době po osvobození obnoven. Zásluhu o obnovení provozu mají zaměstnanci mlýna, kteří projevili velké pracovní úsilí při instalování technického zařízení a jeho uvedení do chodu.
