Za 30leté války 5.12.1631 mlýn vypálen i s celou čtvrtí města zvanou Podolec od uherských pandurů, kteří po porážce od Sasů u Nymburka prchali přes Mladou Boleslav. Mlýn udatně bránil mlynář Čihák. Císařští byli poraženi a prchali k Mladé Boleslavi. Její brány však našli zavřené. Píše se: „Podrážděni tímto odporem, zapálili, co se dalo." Vyhořel i Podstupenský mlýn. Když jej chtěl mlynář Zeman hasit, vojáci mu v tom zabránili a byl „až do smrti od nich zraněn“. Mlýn zůstal dlouho pustý a byl nazýván Spáleným.
Nejprve byla opravena vodárna, vodákem byl poddaný města Jan Kohout. 1648 se zde již vyráběly kroupy a začínalo se s mletím.
1668 Jan Kohout, mlynář podstupenský žádá o propuštění syna z poddanství
1736 nájemce Adam Kohout, převzal mlýn, pilu, soukenickou vlachu a vodárnu, byl povinen dodávat vodu do pivovaru a do kašen, za službu vodáka dostával týdně 46 3/4 kr., za semletí jednoho strychu měřičné 1 čtvrtce, za šrotování sladu pro obec a měšťany 36 kr. za strych, za řezání klád pro obec dostával 3 kr. 4 1/2 denáru, pro cizí 12 kr. za borovice, 15 kr. za duby. Od města dostával dřevo z městských lesů na opravy a velké železné díly jako vřetena, čepy nebo kypřice, ostatní potřeby si hradil sám. Před převzetím složil kauci 700 zl., roční nájem 100 zl., 50 str. pšenice a 170 str. žita.
1738 jej mladoboleslavská obec dala opravit a od 40. let 18. století byl znovu v chodu.
V roce 1743 byl dán mlynáři do dědičného nájmu a o čtyřicet let později mu byl prodán. Nadále však měl stanovené povinnosti a dávky k obci, obec mu mohla mlýn vyvlastnit, kdyby špatně hospodařil.
1743 celkem obec z tří svých mlýnů v tom roce inkasovala 364 kop grošů.
1752 mlýn se stupníkem, pilou a valchou si najal na 6 let Václav Loudil, po uplynutí této doby žádal o prodloužení nájmu o další 3 roky, jelikož mlýn udržoval v dobrém stavu, bylo mu vyhověno. Kauce zvýšen na 1000 zl., nájem zůstává ve stejné výši, navíc povinnost ročně vykrmit 2 vepře nebo náhradou 6 zl. za každého. Za řezání klád pro město 3 kr. za kládu, za rozřezání 1 klády pro měšťany odváděl městu 1 truhlářské prkno, pro poddané a cizí 1 falcované prkno, za řezání hranolů a trámů 1 krajinka. Přednostně měl v provozu udržovat vodárnu, při nedostatku vody měl omezit nebo zcela zastavit mlýn i valchu.
1780-90 - byl roční příjem z mlýnů: z Podstupenského 707 zlatých, z Podzámeckého 50 zlatých a ze Suchého (pravděpodobně městského mlýna na předměstí Ptáku) 400 zlatých, k tomu ještě za obilí celkem 430 zlatých.
1783 si mlýn pronajímal vinecký mlynář Jan Rochelt, mlýn byl po předchozím nájemci ve špatném stavu. Mlynář se zavázal zhotovit novou hranici, město dodá potřebné dříví a železo, práce oceněna na 800 zl., město jí bude splácet roční srážkou z nájemného 50 zl.
Prvním podstupenským mlynářem, který takto samostatně hospodařil, byl Jan Rochet, mlynář z Vince. Uvádí se, že roku 1787 měl roční příjem z mlýna 707 zlatých a k tomu za obilí 430 zlatých.
1787 nájemce Matěj Vodvářka, mlýn o 5 složeních vyhořel, znovu vystavěn a obec vyhlásila licitaci na jeho prodej do dědičného nájmu. V licitaci zvítězil Matěj Vodvářka za 4.000 zl., roční nájemné 707 zl. Ke mlýnu patřilo žitné pole Na Vandrovce na 4 str. výsevku.
Z jiné doby, z roku 1825, je zpráva, že když bylo málo vody, magistrát Mladé Boleslavi mlynáři určoval čas, kdy může vodu pustit na mlýnské kolo. Mlynář toho zřejmě nedbal, protože dostal pokutu 4 zlaté, neboť „mlýn Podstupenský mlel na všech sedmi kolech, a tím způsobil nedostatek vody z pramene do města. Bylo mu (mlynáři) uloženo, aby mlel na méně a jedno kolo zavřel.“
V první polovině 19. století tvořily mlýn dvě budovy, stojící naproti sobě na obou stranách mlýnského náhonu. Voda poháněla celkem dvanáct kol na spodní vodu - v mlýně, ve vodárně, na pile a v soukenické valše. Podle některých údajů však měl zdejší mlýn nejvíce až 16 kol a patřil tak mezi největší v Čechách.