Mlýn byl v provozu i během druhé světové války, jen krátce od 23. listopadu 1941 do 26. února 1942 byl zastaven.
Během okupace ve druhé světové válce byli Porčovi členy partyzánské skupiny Svoboda, podporovali a ukrývali partyzány, načež byli udáni a 14. února 1945 zatčeni gestapem. Při zatýkání proběhla ve mlýně střelba a celý objekt mlýna byl vojáky gestapa vyrabován – veškeré potraviny, šatstvo, obuv i prádlo a dětem zůstal jen nábytek a oblečení, které měly na sobě. Vězněni a vyšetřováni byli Porčovi nejdříve v Letovicích, pak v Kounicových kolejích i na Cejlu v Brně, odkud byli převezeni do koncentračního tábora Mauthausenu v Horním Rakousku. Tady je dne 9. dubna 1945 v plynových komorách popravili.
Po popravených zůstali ve mlýně sirotci Anděla (*1930), Alois (*1932), Ludmila (*1933) a Marie (*1940), kterých se ujal strýc Metod Novotný z Kunštátu, manžel sestry popravené. Dětem byla ze Zemské jednoty společenstev mlýnů v Praze poskytnuta finanční podpora 20 000 Kčs a ze strany opatrovníka byla snaha zachovat provoz mlýna, neboť jedině tak mohly být zajištěny další peníze na obživu dětí. Metod Novotný ale nebyl vyučen mlynářem, proto do mlýna najal stárka – mlynáře Jana Křepelu (*1917), pomocnou mužskou sílu a služebnou pro domácnost.
Nový majitel Metod Novotný žádal Svaz pro hospodaření s obilím o povolení postavení tzv. pšeničné strany skládající se z válcové stolice, reformy s příslušenstvím a rovinného vysévače. Modernizace mlýna po válce byla podle Svazu pro hospodaření obilím vzhledem k všeobecným výrobním poměrům v mlynářství i vzhledem k zásobovací schopnosti zajištěnou pro okolí např. velkým mlýnem č.p. 24 ve Zbraslavci nebo č.p. 70 v Drnovicích nežádoucí. Svaz tak zamezil rozšíření výrobní schopnosti mlýna, který by se těžko uživil a modernizace by jen finančně zatížila jeho majitele.
