Při obléhání města císařským vojskem roku 1620 byl mlýn spolu se všemi tehdy existujícími předměstskými mlýny vypálen, následně znovu obnoven.
1654 Berní rula - v Prachaticích nelokalizované mlýny:
1) dědicové Zikmunda Weisenregnera, vlastní mlejn o 1 kole
2) Petr Běžška, řezník, vlastní mlejn o 2 kolách
3) Matěj Vinčík, vlastní mlejn o 1 kole
4) Martin Fidler, vlastní mlejn o 1 kole
5) Řehoř Smíšek, koželuh, vlastní mlejn o 1 kole