Mlýn Pražský, byl ve 2. polovině 17. století spravován mlynáři z rodu Lipchavských, kteří jej měli v nájmu. Roku 1682 žádal Jakub Lipchavský o povolení, aby směl ve mlýně prodávat „…pálení…“a roku 1685 prosil městskou radu o dřevo na opravu domu.Dřevo na opravy patrně obdržel, protože v roce 1687 byl vyšetřován právem městským, že bez povolení vystavěl na svém dvoře nové stavení. Vystavěl také nové chlívy, ale ty narozdíl od pavlače bourat nemusel. Roku 1736 píše svou závěť Helena Podhajská mlynářka z Pražského mlýna, v níž „…za dědice ustabovuji mého milého manžela Antonína Podhajskýho pro lásku a ke mně dobré chování, však tím způsobem, aby on dva díly statečku mého, který jsem jemu do mlýna přinesla y všechno to co v mlejně jest… po mé smrti dědil a tím spokojen byl…“. Podle zápisu v gruntovní knize zakoupil Antonín Podhajský Pražský mlýn již v roce 1733. Cena mlýna byla za 700 zlatých. Roční úrok činil 61 kr 40 dr za mlýn a 5 kr 50 dr za roli. V roce 1741 mlýn vyhořel a mlynář žádal městskou radu o pomoc. Dostalo se mu 10 trámového a 15 krovového dříví z obecních lesů. Ale nájem ze mlýna musel zaplatit „beze vší srážky“. Z toho se dá usoudit, že škody na mlýně nebyly tak velké, jednalo se patrně především o novou střechu. V roce 1743 měl Antonín Podhajský jménem náhrady pro chudé špitálníky „…že prasata dokonale nevykrmil, za 3 kamenný libry po 6 dr má dáti 6 zlatých pod skutečným arestem do západu slunce…“
Při cezení řek se měl konšelský mlynář vždy dohodnout s mlynářem pražským, ale domluva asi nebyla vždy jednoduchá. Již roku 1735 se můžeme v městské gruntovní knize dočíst o sporu těchto dvou mlynářů, který se týkal velikosti mlýnských kol a jak jinak, i vody. Jiří Hnátek si stěžuje, „…že by od mlynáře pražského skracenost zdi pro zdělání velikých kol trpěti musel…“. Konalo se velké vyšetřování za přítomnosti radních i cechmistrů mlynářského řemesla Jana Kunsta a Kašpara Syrového. Přítomni byli i zkušení mistři mlynářského řemesla Jakub Langer a Jakub Abraham. Vyšetřilo se, že konšelský mlynář „…kola má jenom na 4 lokte weliké, naproti tomu ale pražský mlynář jedno má 5, druhé 5 a třetí 6 lokte dlouhý. Z té příčiny stává se welká újma konšelskému mlynáři, že mu nemůže Woda strouhou na Wantroky jíti. Poněvadž na Praským mlejně nic wicej než na 5 loket byly a nyní od nynějšího mlynáře Antonína Podhajského jedno o 4 a druhé o jeden loket wěčí udělané jsou, což Praskýmu mlynáři k užitku, nebo čím wěče Kolo jest, miněj Wodi potřebuje, kdyby málo Wodi jmal, Konšelský Mlinář skrze to škodu nésti by musel. Kdiby to 6 loketní Kolo nechtiel menší udělati, powinnen bude zatopující Wodu Mlynář Praský přitom kole trpěti. To ale dolní na 5 loket wyměřený starý Kolo při Praským Mlejně má zůstávat na budoucí Časy, na swědectví aby wěčí nebylo podle kterého druhé dwě Kola jenom 5 loketní Welký napotom bejti mají…“. Taková opatření byla pražskému mlynáři nařízena a také „… aby Wantroky u Praského mlýna o dwa couly suženy byly, dříve nežli woda pujde…“. Za postavení větších kol bylo pražskému mlynáři do budoucna pohroženo pokutou od magistrátu. Z dalšího zápisu vyplývá, že celý spor vznikl patrně tehdy, když konšelský mlynář stavěl u svého mlýna kamenný mostek a přehradil na šest dní řeku. To spolu s velkými koly u pražského mlýna způsobilo, že v řece nebyla žádná voda. Pražský mlynář si totiž rozšířil i vantroky a přebytečnou vodu vypouštěl do jalové strouhy, ke konšelskému mlýnu tak doteklo málo vody. Komise se snažila o rychlou nápravu „…nebo to se Wý že Praský a Konšelský Mlynář na jednom stejným Nájmu a Platu jsou, za Slušné jest aby jednoho práva užívaly…“.Pro spravedlivé rozdělení vody měl pražský mlynář udělat korýtko, kterým by přepouštěl na pilu konšelského mlýna všechnu nepotřebnou vodu. Navíc měl konšelský mlynář výlučné právo hýbati s ocejchovaným splávkem na řece. Pražský mlynář mohl zvednout splav jen při náhlé velké vodě. Konšelský mlynář měl také udržovat správnou šířku vodního toku a to již od mostu pražského mlýna. Celý spor o vodu se dotkl i litomyšlského koželuha, kterému bylo zakázáno máčet kůže v řece a tím „…wodu zdejmat…“. Dalším opatřením ve prospěch konšelského mlynáře byl jeho svobodný přístup k řece a to i na úkor měšťanů a vrchnostenských poddaných, kteří měli u vody své zahrady a jiné ohrazené pozemky. Posledním požadavkem konšelského mlynáře bylo, aby mlynář pražský, kvůli kterému se celé vyšetřování provádělo, zaplatil celé nebo alespoň větší část nákladů komise.
Vroce 1704 měl Pražský mlýn 3 složení a 1 stoupu a konšelský mlýn 4 složení. Oba městské mlýny platily na počátku 18. století pololetní úrok. Zatímco u Pražského mlýna činil půlroční poplatek 80 kop, mlýn zvaný špitálský splácel pouze 10 kop dvakrát do roka. Oproti Pražskému mlýnu však odváděl 55 strychů obilí pro chudé špitálníky. K roku 1736 nacházíme v městských knihách povinnost obou městských mlynářů platit ročně 3 kopy za vykrmení jednoho vepře. Tento zápis se odvolává na ustálené zvyky vázané na předchozí majitele mlýnů, podle čehož se dá předpokládat, že se jednalo o povinnost starou několik staletí. Další zápisy se zabývají požadavky mlynářů na dodávky dříví na opravy mlýnů. Zatímco v roce 1737 si mlynáři toto bukové a borovicové dřevo nechali dovést v rámci poddanských robot, o rok později již městská rada nařizuje mlynářům pořizovat si dříví na vlastní náklady. Je to patrně jedna z prvních známek zostřujících se vztahů mezi mlynáři a městem. V následujících letech mají mlynáři problémy s pravidelnými platbami. Dluží nejen za zmíněné „…vykrmení vepře…“, ale i pololetní platby a dodávky meliva. Jejich dluh narůstá a pražský mlynář končí v březnu roku 1738 dokonce v šatlavě.
