Za 30leté války 5.12.1631 mlýn vypálen i s celou čtvrtí města zvanou Podolec od uherských pandurů, kteří po porážce od Sasů u Nymburka prchali přes Mladou Boleslav. Mlýn udatně bránil mlynář Čihák. Císařští byli poraženi a prchali k Mladé Boleslavi. Její brány však našli zavřené. Píše se: „Podrážděni tímto odporem, zapálili, co se dalo." Vyhořel i Podstupenský mlýn. nKdyž jej chtěl mlynář hasit, vojáci mu v tom zabránili a byl „až do smrti od nich zraněn“.
1738 jej mladoboleslavská obec dala opravit a od 40. let 18. století byl znovu v chodu.
V roce 1743 byl dán mlynáři do dědičného nájmu a o čtyřicet let později mu byl prodán. Nadále však měl stanovené povinnosti a dávky k obci, obec mu mohla mlýn vyvlastnit, kdyby špatně hospodařil.
1743 celkem obec z tří svých mlýnů v tom roce inkasovala 364 kop grošů.
1780-90 - byl roční příjem z mlýnů: z Podstupenského 707 zlatých, z Podzámeckého 50 zlatých a ze Suchého (pravděpodobně městského mlýna na předměstí Ptáku) 400 zlatých, k tomu ještě za obilí celkem 430 zlatých.
Prvním podstupenským mlynářem, který takto samostatně hospodařil, byl Jan Rochet, mlynář z Vince. Uvádí se, že roku 1787 měl roční příjem z mlýna 707 zlatých a k tomu za obilí 430 zlatých.
Z jiné doby, z roku 1825, je zpráva, že když bylo málo vody, magistrát Mladé Boleslavi mlynáři určoval čas, kdy může vodu pustit na mlýnské kolo. Mlynář toho zřejmě nedbal, protože dostal pokutu 4 zlaté, neboť „mlýn Podstupenský mlel na všech sedmi kolech, a tím způsobil nedostatek vody z pramene do města. Bylo mu (mlynáři) uloženo, aby mlel na méně a jedno kolo zavřel.“
V první polovině 19. století tvořily mlýn dvě budovy, stojící naproti sobě na obou stranách mlýnského náhonu. Voda poháněla celkem dvanáct kol na spodní vodu - v mlýně, ve vodárně, na pile a v soukenické valše. Podle některých údajů však měl zdejší mlýn nejvíce až 16 kol a patřil tak mezi největší v Čechách.